A Assembleia de Deus em Santa Cruz das Flores foi estabelecida na respectiva vila no ano de 1993. Está registada no ministério da Justiça e integra a Aliança Evangélica Portuguesa.
Esta igreja é um campo missionário da Assembleia de Deus de Muge.  

A razão e o alvo de tudo quanto fazemos, lembrando que é feito de uma forma voluntária, é a convicção plena que JESUS é a solução para o homem de hoje, como tem sido para cada pessoa que o tem recebido em sua vida como Senhor e Salvador.